TV Net canlı yayınında, “Mehmet Boynukalın’ın istifasıyla Ayasofya’nın özgürleştiğini düşünüyorum” diyen ve dinin referans gösterildiği yerde hareket alanının kısıtlandıüğını söylerek İslam’dan rahatsızlığını belirten Kemalist zihinli Batıcı Muhafazakâr Özlem Zengin’de Mehmet Boynukalın hocadan cevap geldi.
Boynukalın, Zengin'in açıklamasını alıntılayarak Twitter'dan cevap veren Mehmet Boynukalın, "İslam inanç, ibadet, ahlak ve hukukuyla hayatımıza sirayet etmediği sürece Ayasofya tam manasıyla özgürlüğüne kavuşamaz." dedi.
Ayasofya'nın yeniden ibadete açılmasına da değinen Prof. Boynukalın, "Ama açılması bu yönde bir adımdır inşallah... Meselemiz şahsi değil. Allah hidayet versin..." ifadelerini kullandı.